Le maître Jedi Yoda vécut ses dernières années caché dans les marais de la planète Dagobah. À 900 ans, Yoda avait entraîné des Jedi pendant plus de huit siècles, il était très puissant dans la Force et pratiquait particulièrement la forme IV. Il fut également reconnu comme étant l'instructeur de Luke Skywalker.
Sous l'Ancienne République, 400 ans avant sa chute, Yoda avait participé au projet Chu'Unthor. Ce vaisseau, long de deux kilomètres, était en fait un vaste complexe d'entraînement capable de recevoir jusqu'à 10 000 apprentis en même temps. Avec d'autres maîtres Jedi, Yoda parcourait la galaxie à bord de ce vaisseau-école pour trouver et entraîner de nouvelles recrues. Hélas, pour une raison inconnue, le Chu'Unthor s'écrasa sur une planète du nom de Dathomir. Pris à parti par des sorcières adeptes de la Force, le groupe de Jedi subit de lourdes pertes, avant que Yoda ne parvienne à négocier une trêve. Les Jedi furent autorisés à partir, mais en ils durent laisser tout leur matériel et le Chu'Unthor derrière eux. Après la chute de l'Empire, Luke Skywalker découvrit l'épave, parvint à éliminer les sorcières et entra en possession d'un matériel qui arriva à point pour l'aider dans son projet de restaurer l'Ordre Jedi.
Durant les derniers jours de la République, Yoda était un membre senior et respecté du Conseil Jedi. Servant aux côtés de Mace Windu et Ki-Adi Mundi, Yoda était présent durant les évènements troublants qui ont effilé la vieille République et scellé le sort de l'Ordre Jedi. Il avait un rôle important d'instructeur. Lorsque de jeunes padawans commençaient leurs premières incursions dans l'entraînement Jedi, ils étaient sous la direction de Yoda. Plusieurs des meilleurs Jedi de la République ont été entraînés par Yoda lorsqu'ils étaient enfants - divisés en groupes nommés Clans. Une fois que les jeunes Jedi atteignaient l'âge de l'adolescence, ils étaient jumelés à un chevalier Jedi aîné ou un maître Jedi pour poursuivre leur entraînement.
Vers la fin de la République, l'émergence du côté obscur créa une perturbation assez intense dans la Force pour voiler l'intuition des Jedi dans des matières importantes. Sentant la grave incertitude du futur, Yoda reconnut le besoin d'avoir des réponses. Le Conseil Jedi dépêcha Obi-Wan Kenobi pour mener l'investigation sur une tentative d'assassinat à l'encontre de la sénatrice de Naboo Padmé Amidala, qui, apparemment, venait des forces séparatistes. Ce que Obi-Wan trouva fut encore plus troublant. Une armée entière de clones avait été secrètement créée pour la République par un décret du Jedi Sifo Dyas. Personne parmi le Conseil ne connaissait son développement et personne n'avait pu la prévoir. Une investigation poussée révéla que les séparatistes se préparaient pour la guerre. Le Comte Dooku, un ancien Padawan de Yoda, consolidait une force militaire à partir des armées de droïds de la Guilde du Commerce. Quelque chose devait être fait.
Le Chancelier Suprême Palpatine, ayant reçu tous les pouvoirs d'urgence, prit possession de l'Armée de Clones et ordonna aux Jedi de passer à l'action. Yoda voyagea à Kamino pour amasser la nouvelle armée de la République. Ensuite, il se dirigea à Geonosis pour secourir les survivants de l'équipe de Jedi dans la grande arène de cette planète.
C'est au moment où les clones de la République commencèrent leur combat contre les droïds des Séparatistes que la Guerre des Clones commença. Yoda, agissant comme général, surveilla la bataille du centre de commandes. Les clones défirent les Séparatistes sur Geonosis, mais plusieurs purent s'échapper. Yoda suivit son instinct et se dirigea vers un hangar sombre où le Comte Dooku avait blessé grièvement Obi-Wan Kenobi et Anakin Skywalker. Puis, Yoda et Dooku s'engagèrent au combat.
D'abord, les pouvoirs de la Force furent mis à l'épreuve alors que Dooku tenta d'écraser le petit maître Jedi avec des débris. Yoda dévia facilement ces assauts et repoussa même les attaques d'éclairs de Dooku. La compétition se poursuivit avec un duel au sabre laser. Dans un combat climatique, les deux Jedi démontrèrent beaucoup de vitesse et d'agilité. Dooku réussit seulement à s'échapper en utilisant la Force pour mettre en danger cette fois Anakin et Obi-Wan. Sachant que la noblesse de Yoda lui donnerait du temps, Dooku s'échappa alors que le maître Jedi sauvait ses compères.
La première bataille de la Guerre des Clones fut une victoire pour la République, mais Yoda était néanmoins troublé. Trop de choses ont été voilées par le côté obscur, et le jugement de l'Ordre Jedi semblait être nourri par l'arrogance et l'autosatisfaction. Non seulement plusieurs Jedi étaient morts sur Geonosis, mais la nature même de la mort n'était plus claire pour le vieux maître. Pendant qu'il méditait, Yoda sentit un évènement choquant qui arrivait au jeune Anakin Skywalker. À ce même moment, il entendit aussi la voix de Qui-Gon Jinn, un maître Jedi qui fut tué une décennie auparavant. Il était impossible pour un Jedi de garder son identité après être devenu un avec la Force, mais il l'avait pourtant entendu. C'était un autre dangereux et troublant casse-tête à résoudre pour Yoda, pendant que la République s'écroulait autour de lui.
Lorsque l'Empire surgit des cendres de la République, les agents de l'Empereur massacrèrent les Jedi. Yoda se cacha dans les marais de la planète Dagobah. Il pu vivre caché dans ce sombre endroit grâce au coté obscur de la Force qui émanait de la petite planète, émission qui était due à la mort d'un Jedi Noir que Yoda avait lui-même éliminé au même endroit quelques temps avant la purge des Jedi.Yoda attendit donc patiemment l'arrivée d'un nouvel espoir pour arrêter cette menace du côté obscur dans la galaxie.
Trois ans après la bataille de Yavin, ce nouvel espoir arriva. Guidé vers Dagobah par la vision de son ancien mentor Obi-Wan Kenobi, Luke Skywalker découvrit Yoda sans même le savoir. Échoué sur Dagobah, Luke rencontra une créature qui lui promit de l'aide. Les habitudes de la créature rendaient Luke impatient, mais cela était un test - un de ces nombreux tests auxquels Luke allait échouer.
Se révélant comme étant Yoda, le maître Jedi commença sérieusement l'entraînement de Luke. Des épreuves de télékinésies, des épreuves physiques, des exercices auxquels Luke n'avait jamais eu à faire face firent lentement du jeune homme impatient un Jedi. Lorsque Yoda lui demanda de lever son vaisseau enfoncé dans les marais, Luke ne croyait pas que la Force pouvait lever un objet aussi massif. Yoda lui prouva le contraire en levant le chasseur X-Wing et en le plaçant sur la terre sèche. Une fois de plus, Luke était incrédule - il ne croyait pas, c'est pour cette raison qu'il échoua.
Lorsque Yoda enseigna à Luke comment voir dans le futur, une vision glaciale de ses amis en danger força le jeune Skywalker à abandonner son entraînement, malgré les conseils de Yoda qui lui demandait de rester. Luke promit de revenir et il décolla pour partir à la rescousse de ses amis.
Yoda eut peur que tout soit perdu dans cet effort d'arrêter Vador et l'Empereur. En tentant de sauver ses amis, Luke du affronter Darth Vador dans un duel au sabre laser. Yoda jugeait déjà avant de connaître l'issu du combat qu'il n'était pas prêt pour ça. Effectivement, Luke perdit le combat, après que Vador lui ait coupé le bras.
Environ un an plus tard, Luke retourna sur Dagobah pour compléter son entraînement. Ayant fait face à cette confrontation difficile avec Vador et ayant apprit qu'il était en réalité son père, Luke apprit de Yoda que son entraînement était complété. Durant l'absence du jeune Skywalker, Yoda était devenu très malade. Alors qu'il était couché, mourant, Yoda révéla des informations sur le passé de Luke : il y avait un autre Skywalker, qui se révéla être Leïa. Yoda mourut peu après, devenant un avec la Force.
